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日本はバブル経済が崩壊してから、経済成長率が長期的に低迷し、日本経済の「失われた20年」などと言われている。この時期には、資本投資の伸びも労働力投入の伸びもボトルネックに直面した。しかし日本政府は科学技術イノベーションを強化し、イノベーション環境の建設を充実させることで、経済成長を主導する要因が要素による駆動からイノベーションによる駆動へと転換するよう力強く後押しした。

日本は常に科学技術の研究開発を牽引し、指導することを重視してきた。国家レベルから出発して科学技術発展計画を制定し、研究開発を強化すべき分野を指定し、日本のイノベーションと研究開発を促進してきた。1995年には「科学技術基本法」を制定し、この法律に基づいて5年に1回、「科学技術基本計画」を策定し、長期的な視野で日本がイノベーションを通じて重点的にブレークスルーを達成すべき科学技術分野を詳細に検討してきた。

2016年には、「第5期科学技術基本計画」（2016-2020年）を策定し、日本の未来の科学技術分野におけるイノベーションは、ロボット、センサー、バイオテクノロジー、材料科学技術、モノのインターネット（IoT）システム、人工知能（AI）などの方面に集中させる必要があると指摘した。

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また税制改革を通じて、中小企業の研究開発を奨励し、研究開発費増加率に基づいて税金の控除率を計算することとし、中小企業の控除率の上限を12-17％に引き上げた。研究開発費の増加率が5％を超えれば、控除率はさらに10％引き上げられる。また、「中小企業等経営強化法」に基づいて管理改善計画を制定した中小企業は、固定資産の減税措置や減価償却に関する優遇措置を受けられるだけでなく、設備投資に際して日本政策金融公庫の低金利ローンを利用することもできる。　基礎的研究開発に携わる企業に補助金を支給し、中小企業技術革新制度（SBIR）を構築し、新興産業の発展を推進。
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日本は円高時に、大手企業がコストダウン手法を用いて、様々なシステムを構築した。これを傘下の中小企業に指導し、工場監査を経て維持してきたと言える。またISOなどは大いに役に立った。取得時には逆に低迷したが、慣れるにしたがって、化学物質管理が追加されて、より高品位な品質保証システムととコストダウンを実施してきた。円高時はシステム構築の時代と言っても過言ではない。そしてコストダウン手法により内部留保金をためてきたわけで、今なお内部留保金が増加しているのはシステム構築による。

また政府レベルでも、イノベーション環境の建設を進め、99年に「産業活力再生特別措置法」を、00年に「産業技術力強化法」を制定し、財政補助金、税優遇などの措置を採用して日本企業がイノベーション関連の設備投資を実施し、研究開発活動展開も促進している。

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